НИР на тему: «Адаптация биоинформатических и программных алгоритмов по селекции неоантигенов для применения в соответствии с индивидуальным медицинским назначением для лечения различных онкологических заболеваний с использованием мРНК-вакцин, включая расширение спектра онкологических нозологий, проведение исследования безопасности и иммуногенности у пациентов, а также подготовка комплекта документов на получение разрешения на использование индивидуализированных биотехнологических лекарственных препаратов (иБТЛП) по наиболее перспективным нозологиям»

72.11.11.000

1-й этап Расширение программного кода дополнительными аналитическими модулями с интеграцией в ПО, обеспечивающими проведение дополнительных типов анализов с использованием генетических и транскриптомных данных

1 усл. ед

9 900 000

9 900 000

72.11.11.000

1-й этап Оптимизация программного конвейера в целях адаптации ПО для работы с данными пациентов с колоректальным раком, раком почки, немелкоклеточным раком легкого и раком молочной железы, а также с данными соответствующих релевантных животных моделях.

1 усл. ед

4 008 578,67

4 008 578,67

72.11.11.000

1-й этап Проведение исследования и интеграции в ПО базового функционала клинико-диагностического дашборда на основе данных, получаемых по результатам работы программного конвейера

1 усл. ед

3 942 295,33

3 942 295,33

72.11.11.000

1-й этап Тестирование альтернативных инструментов поиска неоэпитопов

1 усл. ед

2 377 662

2 377 662

72.11.11.000

1-й этап Доработка механизма загрузки исходных данных секвенирования с привязкой к уникальному номеру пациента и указанием соответствующих геномных данных

1 усл. ед

1 637 745,33

1 637 745,33

72.11.11.000

1-й этап Сырые данные полноэкзомного секвенирования нормальной ткани и опухоли (80 образцов) с покрытием не менее 200x. Секвенирование должно быть проведено в формате парных прочтений с минимальной длиной прочтения 100 нуклеотидов.

80 усл. ед

122 000

9 760 000

72.11.11.000

1-й этап Сырые данные транскриптомного мРНК-секвенирования (65 образцов) - не менее 10 Гб. Секвенирование должно быть проведено в формате парных прочтений с минимальной длиной прочтения 100 нуклеотидов.

65 усл. ед

86 666,67

5 633 333,55

72.11.11.000

1-й этап Перечень неоантигенов и последовательности в форме мРНК для исследования их эффективности на сингенной мышиной животной модели Заказчика

1 усл. ед

2 487 828,67

2 487 828,67

72.11.11.000

1-й этап Проведение комплексный систематический анализ данных мировой научной литературы по доклиническим и клиническим исследованиям иммунотерапевтических препаратов, включая применение мРНК-вакцин

1 усл. ед

3 778 328,67

3 778 328,67

72.11.11.000

1-й этап Разработка программы научно-исследовательской работы, включающую проект протокола клинического применения, описание целевой группы, процедуры скрининга, критерии отбора (включения и исключения) пациентов, подходящих для участия в НИР и последующего производства и применения иБТЛП, предназначенных для применения в соответствии с индивидуальным медицинским назначением и специально изготовленных для конкретного пациента с целью персонифицированного лечения онкологических заболеваний с использованием мРНК-вакцин. Исследование в рамках настоящего договора будут проводиться на количестве до 30 пациентов

1 усл. ед

3 418 245,33

3 418 245,33

72.11.11.000

1-й этап Базовая версия регистра пациентов и формат для унифицированного сбора данных

1 усл. ед

3 833 412

3 833 412

72.11.11.000

2-й этап Высокопроизводительное секвенирование РНК (bulk/single-cell RNA-seq) биологического материала пациентов, отобранного в 5 динамических временных точках с целью оценки состава клеточных популяций, маркеров активации клеток, анализа функциональных сигнатур, оценки Т- и В-клеточных клонов, глубокого профилирования репертуара Т- и В-клеток

75 усл. ед

42 000

3 150 000

72.11.11.000

2-й этап Определение цитокинов (IL-6, IL-10, TNF-α, IFN-γ)

30 усл. ед

107 333,33

3 219 999,90

72.11.11.000

2-й этап ELISpot – специфические Т-клетки (IFN-γ)

15 усл. ед

99 666,67

1 495 000,05

72.11.11.000

2-й этап Проточная цитометрия – выявление активированных цитотоксических Т-клеток (CD8+) и клеток памяти (CD4+)

15 усл. ед

106 333,33

1 594 999,95

72.11.11.000

2-й этап Биопсия остаточной опухолевой ткани при наличии и согласии пациента

15 усл. ед

142 777,67

2 141 665,05

72.11.11.000

2-й этап Морфологическое исследование (после введения)

15 усл. ед

71 889

1 078 335

72.11.11.000

2-й этап Патологоанатомическое исследование биопсийного материала с применением иммуногистохимических методов (при наличии образцов)

15 усл. ед

157 889

2 368 335

72.11.11.000

2-й этап Коллекции биологических материалов пациентов (не менее 14 на одного пациента), в том числе мононуклеарной фракции крови пациентов в количестве двух вакуумных пробирок для забора венозной крови с гепарином объемом 10 мл при каждом визите пациента до введения вакцины, а также спустя через 7, 14 и 45 дней после последней вакцинации

210 усл. ед

3 411

716 310

72.11.11.000

3-й этап Доработанная версия регистра пациентов и формат для унифицированного сбора данных

1 усл. ед

1 896 662

1 896 662